芹菜的主要病害有斑枯病、叶斑病、软腐病、菌核病、根结线虫病、病毒病等，主要害虫有斑潜蝇、蚜虫、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、粉虱等。针对不同栽培模式的保护地或露地芹菜，防治中应明确主要防控对象，以提高防治效果。
一、农业防治
轮作控害：避免与芹菜、香菜、胡萝卜等伞形科蔬菜重茬，通过与水稻、葱蒜、玉米、茄果类作物的轮作，有效控制斑枯病、根结线虫病等病害。
健康种苗：优先选用抗斑枯病、软腐病、菌核病的抗（耐）病品种；播种前进行种子处理。
二、理化诱控
设置防虫网：在棚室门口和通风口安装40-60目防虫网，兼顾防虫和降低棚内湿度。
昆虫信息素诱杀：每亩安装一组昆虫信息素诱捕器诱杀斜纹夜蛾、甜菜夜蛾等夜蛾科害虫成虫。
灯光诱杀：在鳞翅目等害虫成虫盛发期，开展连片灯光诱杀。
色板诱杀：成虫从田外迁入棚内芹菜时，黄板诱杀有翅蚜、斑潜蝇，蓝板诱杀蓟马，可有效压低害虫基数。
三、生物防治
棚内初见害虫时释放天敌昆虫，可使用食蚜蝇防治蚜虫，丽蚜小蜂防治粉虱，智利小植绥螨防治害螨，小花蝽防治蓟马。释放天敌后做好虫害监测，必要时优先采用生物制剂及时开展防治。
四、化学防治
可采取苗期灌根和生长期喷施等方式进行施药。优先使用生物源农药，科学选择高效、低风险化学农药，注意轮换用药，严格执行安全间隔期。
虫害防治：可选用吡虫啉、吡蚜酮、啶虫脒、噻虫嗪等药剂防治蚜虫；选用苦皮藤素等药剂防治甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等害虫。
病害防治：可选用咪鲜胺、苯醚甲环唑等药剂防治斑枯病、叶斑病、菌核病等病害。
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